La organización interna de la Secretaría de Salud de Casanare, es la siguiente:

1.   Despacho del Secretario
1.1 Oficina Jurídica y disciplinaria
1.2 Oficina de planeación, Epidemiología y Sistemas de Información

-Dirección de Salud Pública
-Dirección de Seguridad Social y Garantía de la Calidad
-Dirección Administrativa y Financiera