1. Formular planes, programas y proyectos para el desarrollo del sector salud y el Sistema General de Seguridad Social en Salud en armonía con las disposiciones del orden nacional.

2. Adoptar, difundir, implantar, ejecutar y evaluar, en el ámbito del Departamento las normas, políticas, estrategias, planes, programas y proyectos del sector salud y del Sistema General de Seguridad Social en Salud, que formule  y expida la nación en armonía con éstas.

3. Prestar asistencia Técnica y Asesoría a los municipios e Instituciones Públicas que prestan servicios de salud, en la jurisdicción del Departamento.

4. Supervisar y controlar el recaudo y la aplicación de los recursos propios, los cedidos por la nación y los del Sistema General de Participaciones con destinación específica para salud, y administrar los recursos de Fondo Departamental de Salud.

5. Vigilar y Controlar el cumplimiento de las políticas y normas técnicas científicas y administrativas que expida el Ministerio de Salud, así como las actividades que desarrollan los municipios de su jurisdicción, para garantizar el logro de las metas del sector salud y del Sistema General de Seguridad Social en Salud, sin perjuicio de las funciones de inspección y vigilancia atribuidas a las demás autoridades competentes.

6. Adoptar, implementar, administrar y coordinar la operación en su territorio del sistema integral de información en salud, así como generar y reportar la información requerida por el sistema.

7. Promover la participación social y la promoción del ejercicio pleno de los deberes y derechos de los ciudadanos en materia de salud y de seguridad social en salud.

8. Financiar los tribunales seccionales de ética médica y odontológica y vigilar la correcta utilización de los recursos.

9. Promover planes, programas estrategias y proyectos en salud para su inclusión en los planes y programas nacionales.

10. Ejecutar las acciones inherentes a la atención en salud de las personas declaradas por vía judicial como imputables por trastorno mental o inmadurez psicológica, con los recursos nacionales de destinación específica que para tal efecto transfiere la nación.